育苗基质以配制有机、无机复合肥基质为好。在利用发酵剂对原材料进行发酵时，应将有机基质和无机基质按照不同育苗品种的要求，科学组配，调节好育苗基质的通气、水分、温度和营养状况。

尽量选择使用当地资源丰富、价格低廉的轻基质。在应用穴盘育苗技术时，如何选择育苗基质或发酵原材料是关系到育苗成本和育苗质量的首要问题。通常情况下应充分挖掘和利用当地便利条件，选择适合穴盘育苗的轻基质资源，降低育苗基质的成本投入，从而降低穴盘苗的销售价格，提高其市场竞争力。根据各地实际情况，一般选用炭化稻壳、棉籽壳、麦壳、锯末、蛭石、珍珠岩等价格低廉基质作穴盘育苗基质。

有机肥利用技术模式不断发展，出现了秸秆腐熟还田技术、秸秆免耕还田技术、农家肥集中堆沤技术、沼气肥综合利用技术、畜禽粪便无害化处理技术、有机肥料工厂化技术、有机无机肥料生产技术等，这些都极大地促进了我区有机肥料的综合利用。
　　同时随着生物技术在农业上的广泛应用，广西有机肥料的生产和利用也发生了很大的变化：积极推广青贮饲料，发展畜牧业，实现过腹还田；因地制宜地推广作物留高茬技术，实现秸秆在农田里自然腐熟；利用秸秆与动物粪便进行高温堆沤发酵后作食用菌基质，然后用下脚料堆沤还田；通过稻草覆盖免耕种植马铃薯，甘蔗叶隔垄沟底平铺覆盖直接还田，玉米秆切短或整秆垄沟底平铺覆盖直接还田；采取传统的高温堆肥、垫圈、木薯秆机械粉碎还田、秸秆堆沤发酵还田（含沼气池发酵）等技术，促进秸秆直接或间接还田。
　 育苗基质逐渐被重视
　　随着人民生活水平的提高，对无公害农产品、绿色食品和有机食品等产品的需求越来越大，以及对耕地用养结合的注重，使有机肥料的施用逐渐被重视。为了获得大量优质、高品质的农产品，越来越多的农业种植大户及蔬菜基地开始大面积施用有机肥料。尽管在大田生产中，施用有机肥料的普通农民还不多，但在一些重要的经济作物上，由于其明显的经济效益，有机肥料施用已越来越普遍。

注意事项如下：

1.从生态环境角度考虑。要求育苗基质基本上不含活的病菌、虫卵，不含或尽量少含有害物质，为了符合这个标准，育苗基质应使用发酵剂快速发酵，以达到杀菌杀毒的效果。

2.选择使用当地资源丰富、价格低廉的轻基质。在通常情况下，应充分挖掘和利用当地适合穴盘育苗的轻基质资源，降低育苗基质成本，从而降低穴盘苗的销售价格。